- Walny Zjazd Delegatów
- Zarząd
- Prezydent
- Komisja Rewizyjna
- Koordynatorzy Rejonów Kraju
- Szefowie Centrów
- Szefowie Okręgów
- Liderzy Ośrodków
- Liderzy Sekcji
- Organy pomocnicze
Walny Zjazd Delegatów – odbywa się co 4 lata, najwyższy organ Polskiej Akademii JU JITSU
Zarząd:
- Prezydent, Dyrektor Techniczny – Eugeniusz SIKORA, 10° DAN
- Z-ca Prezydenta, Sekretarz Generalny – Bogusław KASZTEL
- Główny Skarbnik – Robert PAŁKA, 4° DAN
Koordynatorzy Rejonów:
- Koordynator Wschodniej Polski, Lublin – Waldemar Popiela, 10° DAN
- p.o. Koordynator Zachodniej Polski, Zielona Góra – Dyrektor techniczny
- Koordynator Północnej Polski, Słupsk – Marcin Gawlik, 8° DAN
- Koordynator Południowej Polski, Złotoryja – Kacper Radzki, 9° DAN
- Koordynator Środkowej Polski, Bydgoszcz - Maciej Tomczak, 6° DAN
- Koordynator Międzynarodowy – Maciej Sikora, 8° DAN
- Dyrektor Biura PAJJ – Aldona Twaróg, 3° DAN
Komisja Rewizyjna:
- Przewodniczący – Marzena PRUCHNIAK- GRIESE, 2° DAN
- Zastępca przewodniczącego – Maciej SIKORA, 8° DAN
- Sekretarz – Grzegorz JĄGOWSKI,
Krajowa Rada Mistrzów Ekspertów:
- Dyrektor techniczny PAJJ – soke Eugeniusz SIKORA, 10° DAN
- hanshi Daniel GŁOWACKI, 10° DAN – Szczecin
- hanshi Waldemar POPIELA, 10° DAN – Lublin
- hanshi Andrew WALNER, 10° DAN – Rzym
- hanshi Kacper RADZKI, 9° DAN – Wrocław
Organy pomocnicze:
- Centralna Komisja Szkolenia (Sportowa ) – Zarząd PAJJ
- Dyrektor Biura CKS – Damian SIKORA
- Centrum Kształcenia Kadr – Szef Kacper RADZKI
- Centrum Metodyczno-Szkoleniowe – Szef Kacper RADZKI
- Komisja Trenersko-Instruktorska – Dyrektor Paweł SANOWSKI
- Krajowe Kolegium Sędziowskie – Dyrektor Maciej SIKORA
- Centralna Komisja Dyscyplinarna – Zarząd PAJJ
- Centralna Komisja Lekarska – Dyrektor dr Janusz HERNIK
- Polskie Kolegium DAN – PAJJ – Dyrektor Techniczny PAJJ
- Wielka Kapituła Odznaczeń – Zarząd