1. Walny Zjazd Delegatów
2. Zarząd
3. Prezydent
4. Komisja Rewizyjna
5. Koordynatorzy Rejonów Kraju
6. Szefowie Centrów
7. Szefowie Okręgów
8. Liderzy Ośrodków
9. Liderzy Sekcji
10. Organy pomocnicze

Walny Zjazd Delegatów  – odbywa się co 4 lata, najwyższy organ Polskiej Akademii JU JITSU

Zarząd:

• Prezydent, Dyrektor Techniczny – Eugeniusz SIKORA, 10° DAN
• Z-ca Prezydenta, Sekretarz Generalny – Bogusław KASZTEL
• Główny Skarbnik – Robert PAŁKA, 3° DAN
  
  

Koordynatorzy Rejonów:

• Koordynator Wschodniej Polski, Lublin – Waldemar Popiela, 10° DAN
• p.o. Koordynator Zachodniej Polski, Zielona Góra –  Dyrektor techniczny
  
• Koordynator Północnej Polski, Słupsk – Marcin Gawlik, 8° DAN
• Koordynator Południowej Polski, Złotoryja – Kacper Radzki, 9° DAN
• Koordynator Środkowej Polski, Bydgoszcz - Maciej Tomczak, 6° DAN
  
• Koordynator Międzynarodowy – Maciej Sikora, 8° DAN

• Dyrektor Biura PAJJ – Aldona Twaróg, 3° DAN
  
  

Komisja Rewizyjna:

• Przewodniczący – Marzena PRUCHNIAK- GRIESE, 2° DAN
• Zastępca przewodniczącego – Maciej SIKORA, 8° DAN
• Sekretarz – Grzegorz JĄGOWSKI,
  
  

Krajowa Rada Mistrzów Ekspertów:

• Dyrektor techniczny PAJJ – soke Eugeniusz SIKORA, 10° DAN
• hanshi Daniel GŁOWACKI, 10° DAN – Szczecin
• hanshi Waldemar POPIELA, 10° DAN – Lublin
• hanshi Andrew WALNER, 10° DAN – Rzym
• hanshi Kacper RADZKI, 9° DAN – Wrocław
  
  

Organy pomocnicze:

• Centralna Komisja Szkolenia (Sportowa ) – Zarząd PAJJ
• Dyrektor Biura CKS – Damian SIKORA
• Centrum Kształcenia Kadr – Szef Kacper RADZKI
• Centrum Metodyczno-Szkoleniowe – Szef Kacper RADZKI
• Komisja Trenersko-Instruktorska – Dyrektor Paweł SANOWSKI
• Krajowe Kolegium Sędziowskie – Dyrektor Maciej SIKORA
• Centralna Komisja Dyscyplinarna – Zarząd PAJJ
• Centralna Komisja Lekarska – Dyrektor dr Janusz HERNIK
• Polskie Kolegium DAN – PAJJ – Dyrektor Techniczny PAJJ
• Wielka Kapituła Odznaczeń – Zarząd